محدودیت های مس اسپکترومتر
روش مس اسپکترومتری تحول بزرگی در شناسائی پروتئینها ایجاد نموده است. این تحولات از سویی مدیون پیشرفتهای ساخت و گسترش تکنولوژی سخت افزاری مس اسپکترومتر بوده و از سوی دیگر طراحی و معرفی الگوریتم ها و توسعه نرم افزاری و نیز تکمیل پروژه های ژنومی و غنی شدن Database ها مس اسپکترومتری را به عنوان یک تکنیک محوری در پروتئومیکس معرفی کرده است.
با وجود مزایایی فراوان استفاده از مس اسپکترومتر، محدودیتهایی نیز به شرح زیر وجود دارد:
- در این روش تنها پروتئینهای از پیش شناسایی شده قابل شناسایی هستند. به عبارت دیگر باید اطلاعات توالی ژن یا پروتئین در Database وجود داشته باشد تا بتوان با مقایسه mass finger print بدست آمده از MS با آنها پروتئین شناسائی گردد.
- تغییرات PTM (پس از ترجمه) پیش بینی نشده می تواند باعث تغییر الگوی MFP شده و شناسایی پروتئین را دچار اختلال نماید. (با تغییر جرم قطعات)
- شناسائي پروتئين در اين روش بصورت غير مستقيم و بر پايه اطلاعات محاسبه شده براي نسبت m/z است. به عبارت ديگر مس اسپكترومتري قادر به تشخيص ماهيت ذره يوني نيست و نمي تواند دو ذره يوني با نسبت m/z برابر را از يكديگر تفكيك نمايد.