برش دادن پروتئین در ژل

اگر توالی یابی به دلیل بلاک شدن انتهای N پروتئین پیش نرود می توان پرتئین  را قطعه قطعه نمود و سپس آنرا مورد آزمون توالی یابی قرار داد . برای اینکار  اگر پروتئین در ژل مورد استفاده قرار می گیرد باید توجه نمود  که برای رنگ زدایی  از الکل یا اسید به تنهایی استفاده شود. مخلوط اسید و الکل (اسید استیک بعلاوه متانل یا ایزوپروپانل ) می تواند سبب تشکیل استر شود .استر قادر است با گروه آمین انتهای N پروتئین و یا گروه آمین لیزین تشکیل آمید  بدهد. این واکنش ممکن است سبب بلاک شدن آزمایش توالی یابی شده و یا  به هنگام برش توسط تریپسین یا Lys-C از عملکرد آنها جلوگیری نماید . در این مورد رنگ زدایی با اسید یا الکل به تنهایی اگرچه به مدت بیشتری طول می کشد اما بهتر است .

اگر از رنگ آمیزی نقره استفاده می شود فیکس کردن پروتئین توسط فرمالدهید یا گلوتارآلدهید نیز سبب بلاک شدن پروتئین می شود . به همین دلیل  از ترکیبات  آلدئیدی نباید استفاده کرد. برای این منظور روشهای دیگری  وجود دارد که با  توالی یابی سنخیت دارند. با این حال رنگ آمیزی   کوماسی ، زمانی که بخواهیم پروتئین  را مورد آزمون توالی یابی قرار دهیم نسبت به رنگ آمیزی نقره ارجحیت دارد. همچنین در چنین حالتی استفاده از آنزیم Lys-C به آنزیم تریپسین ارجحیت دارد چراکه Lys-C قطعات بزرگتری را تولید می کند . پیش از توالی یابی با انجام HPLC نمک زدایی از نمونه انجام  می گیرد . اگر مقدار پپتید کمتر از pmol 10 باشد می توان از nano-LC استفاده کرد که بر روی < 320 میکرومتر تنظیم شده است.