رنگ آمیزی پروتئین به روش رسوب افتراقی نمکها

این روش براساس اینست که نمکهای متصل به پروتئین (مانند دودسیل سولفات یا کاتیونهای سنگین) کمتر از نمکهای آزاد در ژل فعال هستند. بنابراین رسوب یک نمک غیر محلول در نواحی که نمک به پروتئین متصل است آهسته تر انجام می شود. این در شرایطی است که پروتئین باید تمایل اتصال به حداقل یکی از ترکیبات نمکهای غیر محلول داشته باشد.بنابراین این روش یک روش منفی به حساب می آید که در آن زمینه بصورت کدر در آمده و پروتئینها بصورت شفاف در زمینه دیده می شوند.هرچه تمایل پروتئینها به اجزای نمک غیر محلول بیشتر باشد رنگ آمیزی با حساسیت بالاتری انجام می پذیرد.
اولین نمک غیر محلولی که جهت رنگ آمیزی منفی مورد استفاده قرار گرفت پتاسیم دو دسیل سولفات بود. در این روش ژل در محلول غلیظ KCl قرار می گیرد. در مدت کوتاهی یونهای پتاسیم با دو دسیل سولفات ناشی از SDS تشکیل پتاسیم دو دسیل سولفات را می دهند و سپس رسوب می کنند. بسته به اینکه دو دسیل سولفات قبلا ً به پروتئین متصل شده باشد و یا به صورت آزاد در ساختار ژل باشد به دو شکلی که در بالا آمد رسوب تشکیل می شود. جهت بدست آوردن بهترین نتیجه باید پیش از آنکه میزان رسوب در زمینه و پروتئینها یکسان گردد با شستشوی ژل توسط آب واکنش را متوقف کرد. از آنجا که دراین روش پروتئین تمایل زیادی به پتاسیم ندارد، عامل تعیین کننده حساسیت رنگ آمیزی تمایل جذبی پروتئین به دو دسیل سولفات است. لذا این روش حساسیت بالایی ندارد. از طرفی جدا کردن دو دسیل سولفات و پتاسیم از پروتئینها جهت انجام آزمایشات بعدی مانند مس اسپکترومتری کار آسانی نیست.
استفاده از کاتیونهای دیگری مانند کاتیون مس و روی به جای پتاسیم جهت تشکیل نمک غیر محلول با دو دسیل سولفات و ایمیدازول هم بررسی شده که پیشرفت های خوبی در جهت افزایش حساسیت این روش در بر داشته است.
بطور کلی این روش به دلیل ساده بودن و راحتی انجام کار بیشتر مورد توجه است اما شامل معایبی نیز به شرح زیر است: تشخیص حد فاصل پروتئین و زمینه به راحتی امکان پذیر نیست. بنابراین در آزمایشاتی که نیاز به برش و جدا کردن پروتئین است ممکن است خطا در نمونه برداری ایجاد شود. شدت رنگ پذیری پروتئین از رابطه خطی تبعیت نمی کند. بنابراین کمتر مورد استفاده برای بررسی های کمی پروتئین می تواند باشد، گلیکو پروتئینها و پروتئینهای با وزن مولکولی پایین رنگ پذیری کمتری از خود نشان می دهند.