انواع مس اسپکترومتر

دو نوع متمایز مس اسپکتومتر که  بر اساس نوع مركز يونيزان نامگذاري شده اند و در  کارهای پروتئومیکس کاربرد فراوان دارند عبارتند از:Matrix-assisted Laser desorption/ionization  (MALDI) و Electrospray ionization (ESI) . وجه متمايز اين روش نسبت به روشهاي ديگر در ملايم (Soft) بودن روش يونيزاسيون آنهاست به نحوي كه بيشتر در مطالعات پروتئينها و پپتيدها قابل استفاده اند.

ترکیب هر کدام از انواع مراکز یونیزاسیون با هر کدام از آنالایزرها می تواند نوع خاصی از مس اسپکترومتر را تشکیل دهد. بطور مثال MALDI-TOF ،     Trap  MS    Ion    Quadrupole  (ITMC ). معمولا TOF  با MALDI  استفاده می شود  و ESI  با Quadrupole  . استفاده از Quadrupole   این امکان را می دهد که بتوان  چند آنالایزر را پشت سرهم (Tandem ) به کار گرفت . در این حالت  معمولا  مس اسپکنرومتری را به صورت MS/MS نشان می دهند .

در MALDI یونیزاسیون ماده تحت تاثیر لیزر و بر روي نمونه مخلوط با ماده زمينه اي (Matrix)  و خشك شده بر روي پليت فلزي انجام می شود. اما در ESI این کار بر روي محلول حاوي نمونه كه در محیط الکترومگنتیک اسپري مي شود انجام می گردد .  

ذرات يونيزه ممکن است  بار مثبت  ( آنیون ) یا بار منفی ( کاتیون ) داشته باشند. دستگاه MS را می توان هم جهت تشخیص آنیونها ( Positive ion mode , PIM ) و هم جهت تشخیص کاتیونها ( Negative ion mode , NIM ) تنظیم و بکارگرفت. در PIM مقدارکمی اسید فرمیک به نمونه اضافه می شود تا کمک به پروتونه شدن مولکولها نماید.  در مقابل در NIM مقدار کمی بافر آمونیاکی یا یک آمین فرار اضافه می شود تا فرایند دپروتونه شدن تسهیل گردد . ذرات پس از يونيزه شدن در مركز يونيزاسيون وارد آنالايزر مي شوند.