روش Electrospray ionization, ESI
يكي از مزاياي روش ESI امكان اتصال اين نوع با روش جداسازي LC است. اين امكان علاوه بر بالا بردن سرعت انجام آزمايش، احتمال آلودگي نمونه را نيز به حداقل مي رساند. همچنين مي توان با تنظيم ميزان جريان (Flow rate) ميزان رزولوشن دستگاه را كنترل كرد.
در اين روش امكان به كار گيري چندين آنالايزر بصورت پشت سر هم (Tandem, MS/MS) وجود دارد. در MS/MS معمولا یونهای خاصی در Quadrupole اول انتخاب شده و وارد Quadrupole دوم مي شوند در اينجا یونها وارد محیط خلا می شوند و در آنجا در یک میدان رادیوفرکانسی به دام می افتند ( Radio frequency trapping field ). در این میدان یونها با برخورد با مولکولهای گاز بی اثر مانند هلیم ممکن است بیشتر تجزیه شوند. انجام این مرحله که تحت عنوان Collision induced dissociation (CID) است برای آنالیز دقیق قطعات بدست آمده مناسب است. در اين روش قطعات پپتیدی اولیه بیشتر شکسته مي شود. درCIDكاتيونهاي فاز گازي پپتيد / پروتئين به دليل برخوردهاي مكرر با اتم هاي گاز نادر ( مانند هليم ) از درون گرم مي شوند . افزايش گرماي داخلي منجر به شكسته شدن باند هاي داخل پپتيدي مي گردد .
در ESI همچنین دستگاه بصورت quadrupol Triple می تواند مورد استفاده قرار گیرد . به این صورت که پپتید اولیه در Quadrupol اول به صورت یونیزه درمی آید ، سپس وارد Quadrupol دوم شده و پیش از ورود توسط CID شکسته می شود ، مجدداً هر قطعه وارد Quadrupol سوم شده و پیش از ورود شکسته می شود . با استفاده از Quadrupol ها حساسیت دستگاه بالاتر می رود . این روش امکان بررسی دقیقتر قطعات پپتیدی را تاحد رسیدن به توالی اسیدآمینه ای مهیا می کند.
امروزه این روش به عنوان یک روش حساس و مقرون به صرفه در بررسیهای ترکیبات بیولوژیک پیچیده پذیرفته شده است . اسپکترای بدست آمده از کوادراپول می تواند در درجه اول جهت شناسایی پروتئین مورد استفاده واقع شود. با این حال کاربرد دیگر این اسپکتراها جهت شناسایی تغییرات پس از ترجمه و توالي پپتيد است.
میزان ولتاژ میدان رادیوفرکانسی تعیین کننده اینست که کدام یون بصورت به دام افتاده باقی بماند و یا از این محیط دفع شود. بنابراین با تغییر ولتاژ می توان به ترتیب تمام یونها را از محیط دفع کرده و به هنگام خروج توسط دتکتور مورد شناسایی قرار داد. در CID اتصال در ساختار پپتید می تواند به سه شکل متفاوت شکسته شود .