وارد كردن نمونه در دستگاه مس اسپكترومتر

طریقه وارد شدن نمونه در دستگاه MSممکن است متفاوت باشد که بستگی به روش یونیزاسیون ، نوع و پیچیدگی نمونه دارد. در MALDI نمونه را به همراه یک ماتریکس ( مانند α- سینانیمیک اسید) بر روی پلیت مخصوص دستگاه قرار می دهند.نقش ماتریکس جذب انرژی لیزر و تبدیل آن به انرژی یونیزان به نحوی که باعث تخریب نمونه نشود می باشد.

در ESI اغلب از روش های جداسازی مانند HPLC ،کروماتوگرافی گاز ( GC )والکتروفوز موئینه ای (Capillary electrophoresis , CE )  پیش از وارد شدن نمونه به دستگاه استفاده می شود تا مولکولهای منفرد به تدریج وارد دستگاه شوند. ورودی دستگاه به صورت یک سیستم اسپری کننده است که نمونه را درمیدان الکترومگنتیک اسپری می کند.