طراحی پرایمر اولین گام حیاتی در طراحی یک آزمایش Real Time PCR با کیفیت است. عناصر طراحی پرایمر زیادی وجود دارد که می تواننددر به حداقل رساندن ایرادات ازمایش ما کمک کنند: مانند سایز پرایمر و طول امپلیکون. این پرایمرها سپس توسط DNA پلیمراز برای ساخت رشته های مکمل جدید استفاده می شوند که منجر به دو برابر شدن تعداد مولکول های DNA میشود.